A Auditoria Interna foi criada em 1989 através do Provimento n° 038/89 que atendeu ao determinado pelo Art. 5° do Decreto Estadual n° 11415, de 15/06/1988, publicado no Diário Oficial do dia 16/06/1988. Antes de 1989 o balanço patrimonial era feito pela Reitoria e aprovado pelo Conselho de Curadores.
Por meio do AEDA nº 11/REITORIA/2013, em 01/03/2013, a Auditoria Interna passou a ser denominada Auditoria Geral da UERJ (AGUERJ), órgão de controle central responsável pelo acompanhamento da administração orçamentária, financeira, patrimonial e operacional da Universidade do Estado do Rio de Janeiro e demais atribuições constantes das normas legais vigentes.
A Lei nº 9.602 de 22 de março de 2022, determinou e promoveu a incorporação da Fundação Centro Universitário Estadual da Zona Oeste (UEZO) pela Fundação Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ).
Para melhor atendimento da demanda atual da UERJ, considerando a necessidade de reforçar os órgãos e mecanismos de controle de legalidade e de controle interno, para pleno atendimento aos princípios que regem a Administração, referidos no art. 37 da CRFB e a necessidade de adequação das referidas unidades, foi editado e posto em vigência o Ato Executivo de Decisão Administrativa – AEDA 063/REITORIA/2022, que reestruturou cargos e funções da Procuradoria Geral, da Corregedoria Geral, da Ouvidoria Geral e da Auditoria Geral da Universidade do Estado do Rio de Janeiro – AGUERJ em conjunto com os AEDA’s – Atos Executivos de Decisões Administrativas 0106/2022, AEDA 0111/REITORIA/2022 e AEDA 0010/REITORIA/2023.
Por fim, a Auditoria Geral da UERJ é diretamente subordinada ao Reitor, com a seguinte estrutura de atuação:
